税务机关认定为“善意取得虚开增值税专用发票”，企业最关心的就是“要不要补税、缴纳滞纳金”，增值税（及附加税）和企业所得税需要分开来看，结合政策逐一分析。

（一）增值税：能补开可抵扣，不缴滞纳金，不能补开需转出已抵扣税额，补缴税款。

根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函〔2007〕1240号），处理逻辑很明确，分两步走：

1.  先看能否补开合法发票：若受票方能联系上游企业，重新取得真实、合法、有效的增值税专用发票，税务机关准许其正常抵扣进项税额；若无法补开（如上游企业注销、失联），则已抵扣的进项税额必须转出，补缴税款，未抵扣的不得抵扣。简单说，“发票合规”是增值税抵扣的核心前提，哪怕交易真实，发票不合规也不能抵扣。

2.  滞纳金一律不加收：很多企业担心“已抵扣的税额要转出，是不是还要缴滞纳金？”答案是不用。上述文件明确规定，纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

需要注意的是，增值税若需补缴，对应的城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加（即“附加税”），需随增值税一并补缴——因为附加税是“以增值税税额为计税基础”，增值税补缴，附加税自然要同步补缴，但同样不加收滞纳金。

（二）企业所得税：无需补税，关键是证明“交易真实”。

与增值税的“形式主义”不同，企业所得税更看重“实质重于形式”，核心依据是《企业所得税法》第八条以及《企业所得税税前扣除凭证管理办法》第十四条，核心规则：只要能证明支出真实发生，即便没有合规发票，也能正常税前扣除，而善意取得虚开的增值税专用发票，本身已满足“交易真实”的前提，按规定来讲，企业所得税无需补缴税款。

具体操作上，分两种情况：- 若能补开/换开合法发票：直接用新发票作为税前扣除凭证，正常申报即可；- 若无法补开/换开（如上游企业注销、被认定为非正常户）：只要准备好3类必备资料+其他辅助资料，就能证明支出真实，顺利扣除：

1. 必备资料：无法补开发票的证明（如工商注销公告、税务非正常户名单）、业务合同/协议、非现金支付凭证（如银行转账记录，避免现金交易无痕迹）；

2. 辅助资料：货物运输单据（如物流单）、货物入库/出库记录、企业内部会计核算凭证等——这些资料能进一步佐证“业务真实发生”，降低税务争议风险。

笔者曾处理过一起典型案例：上游企业被认定虚开发票后，下游受票企业被税务机关要求“补缴增值税及附加、加收滞纳金”，但税务机关在《税务处理决定书》中明确“交易真实，企业所得税可以正常税前扣除，无需补缴”。笔者正是抓住“税务机关已认可交易真实”这一关键点，主张取得的增值税专用发票系“善意取得”不应加收滞纳金，最终帮企业挽回了180余万元的滞纳金损失——再次印证了企业所得税税前扣除坚持“实质重于形式”原则，增值税抵扣坚持“凭票抵扣”，注重“发票合规”的核心差异。

但在实务操作中，善意取得增值税专用发票的认定往往难度较大，有的税务机关要求对应的成本支出不得在企业所得税税前扣除，也有的税务机关采取核定征收的方式要求补缴企业所得税。此时，便需要专业税务律师介入提供法律支持，以妥善解决相关问题，最大限度的争取企业合法权益。

再把视角拉回到民法中的善意取得，民法中善意取得制度是一种原始取得制度，其核心是保护善意第三人的合法权益，能让受让人“无过错即取得权利，不承担损失”，但税法规则中，善意受票企业明明无过错，却要补缴增值税及附加税，甚至是企业所得税，这不是和民法规则相悖吗？

这一矛盾的根源，是增值税的“链条抵扣”制度导致的。增值税作为典型的流转税，实行“道道征收，环环抵扣”，每个环节对增值部分缴税，税款层层流转后，最终由终端消费者承担，形成完整的“抵扣链条”，一旦有一个环节出现问题，便破坏了“抵扣链条”的完整性，而且增值税的抵扣需要同时满足“真实交易+合规凭证”两个条件，即便交易真实，善意取得的虚开发票也不能算作合规凭证，因此不允许抵扣。

若企业最终需补缴税款，可通过陈述申辩、行政复议、行政诉讼、民事诉讼等多种途径维护自身合法权益。鉴于本文聚焦企业被税务机关认定为善意取得虚开增值税专用发票情形下的增值税（及附加税）、企业所得税补缴问题，此类情形通常不涉及行政处罚，以下仅针对税务处理决定书的相关救济途径展开讨论。

（一）陈述申辩

陈述申辩是税务机关作出处理决定前的核心前置维权方式，企业可主动行使该权利，争取免于补税或减轻处理结果。核心要点是向税务机关完整说明善意取得虚开发票的事实，并提交相关证据材料，以此主张不予补缴税款的诉求。税务机关需对企业提出的陈述申辩意见及证据进行核查，若所述事实、理由或证据成立，应当予以采纳。

（二）行政复议

若陈述申辩意见未被税务机关采纳，企业在收到税务处理决定书后，需先补缴税款或提供相应担保，自缴清税款或提供的担保得到税务机关确认之日起60日内，可向作出原处理决定的税务机关的上一级税务机关提交复议申请。复议机关受理后，将对案件进行全面审查：企业需配合提交补充证据及情况说明，作出原决定的税务机关需对复议申请作出答辩。复议机关可组织听证会（类似法院庭审程序），听取双方陈述意见，最终作出维持、撤销或变更原税务处理决定的复议决定。

（三）行政诉讼

若对行政复议结果不服，企业需在收到复议决定书之日起15日内，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。从级别管辖来看，复议维持案件，以作出处理决定的税务机关和复议机关作为共同被告，按作出原行政行为的税务机关确定案件级别管辖；复议变更案件，以复议机关作为被告，按复议机关确定案件级别管辖。

从地域管辖来看，按照《行政诉讼法》第十八条的规定，经过复议的案件，可以选择最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院或复议机关所在地人民法院管辖。经最高人民法院批准，高级人民法院可以根据审判工作的实际情况，确定若干人民法院跨行政区域管辖行政案件。因此，在提起行政诉讼之前，最好向当地法院系统咨询确定具体的管辖法院。

诉讼核心要点：程序上可申请追加开具《已证实虚开通知单》的上游税务机关为第三人，要求其举证说明虚开认定的依据；实体层面需重点举证自身符合善意取得虚开发票的四个法定条件，同时反驳税务机关要求补缴税款缺乏相关依据，以此维护自身合法权益。

绝大多数情况下，法院会按照国税发〔2000〕187号文件的规定，支持税务机关，要求企业补缴增值税及附加税。

不过，司法实践中已出现突破性案例，最典型的是上海铁路运输法院（全国首家专门税务审判庭）审理的一起案件：

某企业从外省上游企业取得13张增值税专用发票（税额148万元），已认证抵扣，后上游企业被证实虚开，受票企业所在地稽查局作出处理决定，要求受票企业“补缴增值税148万元、附加税17万元，不加收滞纳金”。受票企业不服——“交易全是真实的，凭什么不能抵扣？”，在补缴税款后申请行政复议（结果维持），随后提起行政诉讼。

上海铁路运输法院认为：“税务机关已确认交易真实，受票方属于善意取得，仅因发票虚开就禁止抵扣，对企业显失公平”。最终，法院主动追加上游企业所在地税务机关作为第三人参与诉讼，促成上下游税务机关共同确认“案涉发票对应交易真实，应允许进项抵扣”，并通过《协调化解矛盾建议函》明确步骤和时间节点，最终帮受票企业成功追回了已补缴的165万元税款。

上铁法院在新闻稿中这样描述：“为尽快落实协调化解方案，上铁法院及时向稽查局发送了《协调化解矛盾建议函》并抄送相关税务机关，进一步明确协调化解方式、步骤及所对应的时间节点等细节，并采用定期询问进度，向当事人反馈情况等方式推动化解方案落地，保障当事人实质诉求实现，最终圆满化解本案涉税争议，受票企业现已收到退税。”

这个案例让我们看到了“实质抵扣”的可能，但遗憾的是，大部分地区的法院仍会依据国税发〔2000〕187号文件，支持税务机关“补缴增值税及附加税”的决定。

若不服一审判决，可在收到判决书之日起15日内向上一级人民法院提起上诉。

（四）民事诉讼

如上述维权途径均不能达到理想的结果，还可以通过民事诉讼方式，起诉实际销售方承担违约赔偿责任。

从法律逻辑看，上下游企业之间的买卖合同合法有效，根据《民法典》及相关法律规定，上游企业的核心义务不仅是“交货”，还包括“提供合法有效的发票”，这通常是销售货物、劳务、服务的一项附随义务。若上游企业提供虚开发票，在下游企业不存在任何过错的情况下，因为上游企业的原因导致下游企业产生的税款损失，应当由上游企业来承担赔偿责任，本质是“上游企业违反合同义务”，下游企业有权要求其赔偿全部损失。

通过民事救济途径维权成功的案例非常多，法院最终判决的核心理由就是：“原被告均认可买卖合同真实，合法有效，被告（上游企业）提供虚开发票，违反诚实信用原则及合同义务，导致原告（下游企业）被税务机关处理、补缴税款，该损失应由被告全额赔偿”。

但必须提醒一点：胜诉不代表“能拿到钱”，实际执行中存在两大难点：一是上游企业大多已破产、注销，或转移财产，会导致“无财产可供执行”；二是若上游企业跨省，执行程序会更复杂、耗时更长。因此，企业在交易中，最好提前核查上游企业的纳税信用等级，避免与信用差、风险高的企业合作，从源头降低风险。

当前的处理规则中，企业所得税可通过“实质扣除”保护善意受票方，但增值税仍坚守“凭票抵扣”，既与民法善意取得制度存在冲突，也让无过错的企业承担了额外损失。

期待税务机关赋予善意受票方“实质抵扣权”，参考企业所得税的规则，只要能证明交易真实、受票方无过错，即便发票虚开，也允许抵扣进项税额，由税务机关向实际销售方追缴税款——既保护了善意企业，也不会导致国家税款损失；

当然，目前还没有相关的规定，法律法规的完善仍需要时间，企业应先做好自身风险防控，至少做到以下几点：

（1）交易前核查上游企业信用；

（2）签订明确“发票合规义务”的合同，建议在合同中约定，如因提供的发票不合规，导致受票方补税、罚款、滞纳金及相关支出的，由开票方承担相应的损失；

（3）留存完整的真实交易证据。

最后，企业若遭遇善意取得虚开增值税专用发票的情形，切勿盲目应对或拖延，专业律师第一时间介入是关键，依托本文所述的多种救济途径，结合企业实际情况梳理证据、制定维权策略，规避不当处理引发的额外风险，最大程度的维护企业合法权益。